Il santo, poeta e studioso sufi, Shaikh Jamali, stabilì un khanqah, o luogo di raccolta dei sufi, a Makli e alla sua morte fu sepolto lì.[1] Il sovrano Samma del XIV secolo, Jam Tamachi, venerava il santo e desiderava essere sepolto vicino alla sua tomba, dando così inizio alla tradizione di utilizzare Makli come sito funerario.

Il sito divenne famoso come importante luogo funerario durante il dominio della dinastia Samma, che aveva stabilito la propria capitale vicino a Thatta.[1]

Le tombe architettonicamente più significative del sito risalgono all'epoca Moghul, tra il 1570 e il 1640[2]