Anteriormente alla colonizzazione era una regione abitata dagli indigeni Guaianas, l'inizio del popolamento si data intorno alla prima metà del XVI secolo con il passaggio della spedizione di Martim Afonso de Sousa, già a conoscenza da svariati anni del cammino dei Guaianas che collegava le spiagge di Paraty al Vale do Pariba, passando per la catena della Serra do Mar. Il nucleo di popolazione iniziale fu nei pressi del fiume Perequê-Açu, la prima costruzione della quale si hanno notizie è una cappella intitolata a San Rocco. Nel 1636 Maria Jacome de Melo fece una donazione di terre nell'area tra il fiume e Patitiba per poter sistemare la popolazione in continuo aumento, a condizione che gli indigeni locali non fossero molestati e che fosse eretta una nuova chiesa in onore della Nostra Signora del Rimedio. Questo lotto corrisponde all'attuale centro storico.

A partire dal 1654 si registrarono varie ribellioni tra gli abitanti che portarono, anche ispirate dai fatti avvenuti nella vicina Angra dos Reis, al riconoscimento da parte di Alfonso VI di Portogallo di "Città della Nostra Signora del Rimedio di Paraty". Con la scoperta dell'oro nell'area del Minas Gerais, la cittadina guadagnò nuovo impulso, soprattutto quando nel 1702 il governatore decise che i mercanti potevano sì entrare dalla colonia di Rio de Janeiro, ma per portare i loro carichi sulle coste, dovevano passare per quello che fu soprannomito il "cammino dell'oro", il vecchio cammino indigeno che sbuca proprio a Paraty.

Nel 1710 fu proibito per un breve periodo il trasporto del metallo prezioso proprio in questo percorso, fu ristabilizzato e poi di nuovo abolito, causa la costruzione del Caminho Novo (collegava direttamente Rio con Minas Gerais) con conseguente diminuzione di movimento e di decrescita economica.

A partire dal XVII secolo si registrò un incremento nella coltivazione della canna da zucchero e la produzione di distillati, tanto era fiorente questa attività che il termine Paraty fu anche sinonimo di cachaça (distillato di canna da zucchero). Per poter raggirare la proibizione di traffico di schiavi, per volontà del Padre Reggente Diogo Antonio Feijò, lo sbarco degli africani fu fatto fare in Paraty: le strade per le quali circolava dapprima l'oro, furono riutilizzate per il trasporto della produzione caffearia. Ma con l'avvento della ferrovia Estrada de Ferro Central do Brasil passante per Barra do Piraì nel 1864, per Paraty cominciò un periodo di decadenza.

Solo nel 1954 la città ed il suo patrimonio furono riscoperti, con la riapertura della strada che collegava allo Stato di San Paolo, facendola fiorire come un polo di attrazione turistica. In questo modo nel 1958, le meraviglie storiche furono suggerite dall'Istituto nazionale del patrimonio storico e artistico. Il movimento turistico si intensificò con la riapertura della BR-101 che va da Rio de Janeiro a Santos nel 1973.

Oggi la città è il secondo polo turistico dello Stato di Rio de Janeiro ed il 17° di tutto il Paese