L'area venne dichiarata parco nazionale il 30 maggio 1934, ma non ne ricevette il titolo ufficiale prima del 6 dicembre 1947. Il parco venne dichiarato riserva della biosfera il 26 ottobre 1976. Il 10 novembre 1978 buona parte del parco divenne una wilderness area. Per la precisione nel 2003 erano 5247 km², circa l'86% del parco. Divenne patrimonio dell'umanità il 24 ottobre 1979 nonché Palude di Interesse Nazionale dal 4 giugno 1987. Nonostante tutti questi riconoscimenti, nel 1993 venne inserito dall'UNESCO tra i patrimoni in pericolo.

Nell'ottobre 2005 l'uragano Wilma attraversa la Florida con effetti devastanti sul parco. I gravi danni raggiunsero anche l'area Flamingo. Il centro visitatori, la pensione, il ristorante ed altri negozi vennero chiusi, e le visite erano permesse solo se accompagnati da una guida del parco. Il 14 marzo 2006, finalmente, il centro visitatori e i bacini di carenaggio vennero riaperti. La pensione, il ristorante Flamingo e il Café Buttonwood invece restarono chiusi. Aggiornamenti su questa faccenda si possono trovare sul sito ufficiale del parco, disponibile in fondo alla voce tra i collegamenti esterni.