Nel corso del medioevo Perasto entrò nell'orbita dalla Repubblica di Venezia, cui appartenne a periodi intermittenti e poi ininterrottamente dal 1420 al 1797. Nel Settecento la cittadina visse il suo momento di maggior splendore, giungendo ad avere quattro cantieri navali, una flotta di circa cento navi ed una popolazione di 1.700 abitanti. All'epoca veneziana risalgono anche le nove torri difensive (Perasto, pur non cinta da mura, non fu mai presa dai Turchi), la fortezza di Santa Croce (1570), i sedici palazzi barocchi e le diciannove chiese (diciassette cattoliche e due ortodosse).

Grazie allo spontaneo aiuto dato nel 1368 alla flotta veneta durante un terribile assedio, la città si guadagnò il titolo di "fedelissima gonfaloniera", che mantenne fino alla fine della Repubblica. Per decreto speciale del Senato la città ebbe l'onore e il dovere di custodire il gonfalone di guerra della flotta veneta; anche i dodici Gonfalonieri di Perasto, che in corso di battaglia costituivano la guardia personale del doge ed avevano il compito di difendere il vessillo sulla nave ammiraglia, provenivano esclusivamente da Perasto. Nella battaglia di Lepanto ne perirono otto su dodici. Sotto il governo veneto, Perasto fu sottoposta all'autorità civile e giudiziaria del Rettore e provveditore di Cattaro, ma ebbe un proprio consiglio e propri ordinamenti autonomi.

La devozione della cittadina alla Repubblica di Venezia non venne meno neppure alla caduta di quest'ultima: mentre il 12 maggio 1797 il doge depose le insegne di San Marco, i perastini deliberarono di rimanere veneziani e si ressero in autogoverno fino all'arrivo delle truppe austriache. I vessilli veneti rimasero così issati fino al 23 agosto, giorno in cui vennero seppelliti con una cerimonia solenne, l'ultima della Serenissima, sotto l'altare del duomo. Il capitano della guardia, conte Giuseppe Viscovich, nel consegnare il gonfalone veneto ai sacerdoti pronunciò davanti alle milizie ed a tutto il popolo un commovente ed intenso discorso, passato alla storia col titolo di Ti con nu, nu con ti.[1]

Con Cattaro fece dunque parte dei domini asburgici fino alla prima guerra mondiale, al termine della quale entrò nel regno di Jugoslavia.

Dal 1941 al 1943 fu un comune della provincia di Cattaro, suddivisione amministrativa del Governatorato della Dalmazia, dipendente dal Regno d'Italia.