Nel periodo Edo, lo shogunato Tokugawa organizzava processioni da Edo al santuario di Nikko. Gli annuali festival del santuario, in primavera e autunno, derivano da questa antica usanza e sono conosciuti con il nome di Processioni di mille guerrieri.

Il santuario fu probabilmente visitato dal fisico statunitense Richard Feynman, che utilizzò uno dei portali come esempio di simmetria quasi perfetta come conclusione della prima parte delle sue celebri lezioni di fisica (1963). Feynman descrive il santuario di Nikko come un'opera quasi simmetrica, esattamente come l'intero edificio della fisica.