Le riduzioni vennero autorizzate dalla Spagna nel 1503 con la firma di un decreto[1] ad Alcalá de Henares, ma la costruzione dei primi insediamenti sudamericani avvenne solo attorno al 1560.

Lo scopo delle missioni, costruite e gestite dai missionari gesuiti, era sia quello di convertire al cristianesimo i popoli indigeni del Brasile e dell'Argentina, sia, imponendone l'urbanizzazione, di fungere da strumento di controllo della monarchia sui nativi insediati nei territori di frontiera dell'impero spagnolo.

La missione di São Miguel das Missões, venne creata, nel 1632, dai gesuiti portoghesi[2], presso l'insediamento di indios Guaraní rinominato Itaiaceco, ma nel 1683, venne trasferita nel sito attuale. A quella data comprendeva circa 4.000 indios cristianizzati stanziati in un villaggio costruito rispettando i criteri prescritti dal libro IV delle Leyes de Indias (Leggi delle Indie), il corpus legislativo emanato dalla Spagna fra il 1512 e 1542 che regolava tutti gli aspetti sociali, politici ed economici delle colonie americane.

Del villaggio non rimane alcun edificio, ad eccezione della grande chiesa ed alcune parti perimetrali dell'abitato.

La costruzione della chiesa barocca è databile fra il 1735 e il 1744, ed è attribuita all'architetto gesuita Gian Battista Primoli. Gli ultimi allestimenti degli interni vennero completati entro il 1750, ma nel 1760 un incendio danneggiò gravemente alcune parti dell'edificio che venne parzialmente restaurato per finire, tuttavia, abbandonato assieme all'intera missione, pochi anni dopo, a seguito dell'espulsione dell'ordine dei Gesuiti dalla Spagna (1767).

Le riduzioni costruite nel bacino del Rio Paranà[3] si resero infatti note per la resistenza degli indios contro i mercanti di schiavi spagnoli e portoghesi e, successivamente, per l'opposizione alla corona di Spagna; azioni che comportarono l'espulsione dell'ordine sia dai territori portoghesi (1758) che da quelli spagnoli (1767), e la sua successiva soppressione (1773) da parte di papa Clemente XIV.