La stazione venne inaugurata nel 1851 e nel 1892 la facciata venne ricostruita. Continuò il suo esercizio fino alla sua soppressione avvenuta nel 1992, venne inglobata nella nuova stazione di Madrid Puerta de Atocha e Atocha-Cercanías. L'antico piazzale che ospitava i primi binari venne convertito tra il 1984 e il 1992 in un giardino botanico coperto progettato dell'architetto Rafael Moneo.