Abitata fin dall'antichità e probabilmente di origine berbera (anche se la tradizione locale non lo rivendica), assunse rilevanza come centro di commercio carovaniero trans-sahariano frequentato dai Cartaginesi.

Nel 33 a.C., colonizzata dai Romani, prese il nome di Thusuros. Divenne uno snodo commerciale, importante sia per il commercio dei datteri, sia per quello degli schiavi, attraverso la strada romana da Gabès a Biskra. Di questo periodo rimangono oggi solo rarissime vestigia, così come della successiva influenza cristiana (resta, di questa, solamente una chiesa inglobata in seguito nella moschea di al-Kasr, vicino a Bled al-Haddar).

Nel XIII secolo, la città divenne musulmana e vi furono costruite due moschee. Continuò ad ingrandirsi insieme ai suoi palmeti, conoscendo una notevole crescita economica che raggiunse il suo apice nel XIV secolo.

Tozeur rimase una città di passaggio per le grandi carovane fino al XIX secolo, epoca in cui divenne predominante la produzione dei datteri. Dopo il 1950, con lo sviluppo delle vicine città minerarie di Metlaoui e Redeyef, la popolazione incominciò a diminuire.

Attualmente, alla produzione di datteri (in particolare i rinomati deglet nour) si affianca lo sviluppo del turismo sahariano: l'aeroporto internazionale di Tozeur-Nefta, aperto nel 1980, è meta dei voli charter che portano i visitatori verso i percorsi turistici del sud del paese.

Al letterato e matematico Ibn Chabbat (nato a Tozeur e ivi deceduto nel 1282) si devono importanti lavori circa la coltivazione della palma da datteri e un notevole miglioramento dei sistemi di ripartizione delle acque dell'oasi. Le sue mappe sono esposte al Museo delle arti e delle tradizioni popolari.

A Tozeur si trova la sede principale della confraternita islamica Shadhiliyya-‘Alawiyya-Isma‘iliyya.

Questa è la città che ha dato i natali al poeta Aboul-Qacem Echebbi (Abu l-Qasim al-Shabbi), famoso soprattutto per aver scritto la poesia su cui è basato l'attuale inno tunisino, nonché la toccante poesia Ela Toghat Al Alaam (in italiano: "Ai tiranni del mondo"). Qui ha visto la luce anche la rispettata poetessa tunisina Fadela Ecebbi, sua cugina.