Villa O'Higgins ebbe origine con la morte del tenente dei Carabineros de Chile Hernán Merino Correa, avvenuta nel 1965 per mano di militari argentini che sconfinarono nella parte del territorio cileno ancora contesa con l'Argentina. Il tenente Merino, dopo molti giorni di viaggio a cavallo e a dorso di mulo, giunse nella zona con la sua pattuglia per verificare la denuncia di sconfinamento segnalata da alcuni abitanti del luogo. All'arrivo sul posto tentò di mediare per una rimpatriata dei militari argentini i quali cominciarono a sparare. Così ordinò ai suoi uomini di cercare riparo perché, essendo agenti di polizia, non avevano ricevuto un addestramento al combattimento che avrebbe potuto permettere loro di difendersi. Ordinò anche di non retrocedere dalla posizione e per questo fu colpito da una raffica di mitragliatrice che lo uccise. I suoi uomini resistettero per alcune ore ma, alla fine, avendo esaurito le munizioni, furono catturati.

Questo avvenimento ebbe un forte impatto sull'opinione pubblica cilena e portò alla fondazione di Villa O'Higgins per garantire la sovranità cilena nella regione e permettere l'insediamento di coloni. Il popolamento della zona cominciò nei primi anni del 1970, inizialmente da parte di giovani ufficiali e sottufficiali dei Carabineros de Chile e delle loro famiglie, ed in seguito da parte di altri dipendenti pubblici.