Non si hanno notizie certe sulla sua fondazione che potrebbe essere dovuta all'antica popolazione dei vaccei (il cui nome era forse l’Arbocala di Tito Livio[1] o l’Arbucala di Polibio[2]), sicuramente era abitata al tempo dell'Impero romano e nota con il nome di "Occelum Durii", cioè occhio del Duero.

Allo stesso periodo risalgono le lotte dell'eroe locale Viriato contro l'invasione romana. Il suo nome attuale potrebbe derivare sia dall'epoca dell'invasione dei visigoti "Semure" che dai termini arabi "Azemur" (oliveto silvestre) o "Semurah" (città dei turchesi). Nel Medioevo fu sia sotto la dominazione araba che sotto quella cristiana, gli arabi la tennero dall'VIII secolo all'XI, dopo la riconquista cristiana iniziò il periodo di maggior splendore politico, architettonico ed economico.

Nel XII acquisì grande importanza a causa della sua posizione privilegiata tra le due fazioni in lotta nella penisola iberica. Durante uno degli assedi alla città, avvenne un episodio raccontato nei poemi epici spagnoli, la morte di Sancho II di Castiglia mentre tentava di riconquistare la città controllata dalla sorella Urraca, davanti agli occhi del Cid. Il valore della città durante l'assedio di Sancho è ricordato dal detto castigliano: "Zamora no se ganó en una hora", cioè "Zamora non si conquistò in un'ora".

Nei secoli successivi, con lo spostamento verso sud della zona di lotta tra arabi e cristiani, la città iniziò a perdere importanza tanto dal punto di vista strategico che economico. Dopo la scoperta dell'America, molti abitanti di Zamora si videro obbligati a emigrare a causa della povertà. Questa massiccia emigrazione è la causa della presenza in Sud America di numerose città con questo nome.