アイオス・ニコラオスの町は、青銅器時代後期にラト(Lato)の要塞を占拠したドーリア人によって建設された。その時、丘陵地にあるラトの要塞は防御が弱いために、港を持つアイオス・ニコラオスの地が注目されることになったのだった。

アイオス・ニコラオスとは、聖ニコラオスを意味する。また、聖ニコラオスが全ギリシャと航海の聖人となってからは、アイオス・ニコラオスの町の名はギリシャやキプロスで特によく見られる地名となった。