この地に最初の要塞が建造されたのはこの地域がローマ帝国の一部だった時代であると考えられている。当初は監視用のもので、厳密には防衛用の城砦ではなかった。14世紀になるとブルガリアのツァールであったイヴァン・スラツィミルがこの古い城砦を拡張し、守備隊を置いて要塞化した。これが現在の要塞の直接の前身となった。イヴァン･スラツィミルの治世中、ベログラトチク要塞は首府ヴィディンのババ・ヴィダ要塞に次ぐ、最重要の要塞のひとつとして扱われるようになった。

その後1396年にオスマン帝国軍の攻撃を受けて占領された。オスマン帝国はこの地域でのハイドゥクのような反乱勢力の鎮圧を進めるために要塞をさらに拡張した。 19世紀になると更なる変化がもたらされた。それはこの時代のオスマンの典型的な建築術を用いて全面的な改築が実行され、要塞はさらに拡張された。特徴的なヨーロッパ風の意匠はこの拡張に参加したフランス人とイタリア人の技術者によって付け加えられたものである。

1850年にはベログラトチクの反乱が発生し、要塞はその鎮圧に重要な役割を果たした。 1885年にセルビア＝ブルガリア戦争に使われたのを最後に実戦に用いられることはなくなった。