元は "Ekab" （黒い土地）の名で知られていた。コンキスタドールのベルナル・ディアス・デル・カスティリョによると、スペイン人が到着した時、現在のキンタナ・ロー州北部のこの地域にはマヤ語を話す多くの人々が暮らしていた。征服から年月が経ち、多くの住民は海賊の襲撃や疫病、飢饉などで死亡したり他の場所に移住してしまい、わずかな居住地のイスラ・ムヘーレス (スペイン語: Isla Mujeres, ムヘーレス島、女の島）とコスメル (マヤ語: Cozumel, 燕の島) が残った。

1967年よりカンクンは、メキシコ中央銀行 (Banco de México) によって、観光地開発による外貨獲得の可能性の調査が行われた。カンクンは当初コンピュータによって選別され、その後の銀行の調査員により拡大調査が行われた後に、実際に開発地として選定された。メキシコ銀行は、初期のインフラストラクチャー整備のために、米州開発銀行 (Inter-American Development Bank) より2700万$の融資を受けた。こうして1970年1月23日にリゾート開発が開始された。

2005年、ハリケーン・ウィルマが直撃し、空港・道路が水没、ホテルの窓ガラスが割れるなどの被害が出た。そのため、ハイ・シーズンの秋にはほとんどのホテルが閉鎖を余儀なくされ、経済的打撃も大きい。