最初の大聖堂は1038年に当時ダブリンを治めていたデンマーク系ヴァイキングの王であるシトリック・シルケンベアード (Sitric Silkenbeard) が最初のダブリン司教であるドナート (Donat)、もしくはドナー (Donagh) と呼ばれる人物のために建造したことにさかのぼる。その当時のダブリン司教区は周りを巨大なグレンダーロッホ司教区に囲まれる小さな司教区であり、カンタベリーに依存している状態であった。

教会はウッドクウェーのヴァイキング入植地を見渡す高地に立てられ、シトリックはそれの維持管理のためにバルドイル (en)、ラセニー (en)、ポートレーン (en)の土地を与えた。[1]当時4つの古いケルト系キリスト教の教会がダブリン周辺に存在していたと考えられ、聖マルティヌスに捧げられたひとつだけはヴァイキング居留地の壁の内側に位置しており、そのためクライストチャーチは居留地内に2つだけある教会のひとつであった。[1]

ダブリン司教はもともと修道院外の聖職者から選ばれていたが、次の司教はベネディクト会修道士から選ばれ、その後1163年、クライストチャーチは後の聖人であり2代目のダブリン大司教であるロレンス・オトゥール (en) によってArrouaise（アウグスティヌス系修道会のルールを改めたもの）の教義に従う修道分院 (Priory of the Regular Order of Arrosian Canons) に変わった。教会はその後宗教改革まで聖アウグスチノ修道会としてその修道院長によって率いられた。修道院長は教区の聖職者の序列の2位に位置づけられ、1541年に宗教改革に基づく構造改革が行われるまで首席司祭（Dean。大聖堂の長）ではなかった。

1171年、ヘンリー2世は大聖堂のクリスマス礼拝に出席し、その年から後、リチャード・ド・クレア（ストロングボウ）やそのほかのアングロ・ノルマン系の大物は、クワイヤ（聖歌隊席）、内陣通路 (choir aisles) および翼廊、地下室、そして聖エドマンド (en) と聖母マリアと聖ロウ (en) の各チャペルの建設で構成されるクライストチャーチの全面的な建て替えの費用を工面した。[2]そして、聖ローレンス・オトゥールのチャペルは1200年代に追加され、現存する多くの身廊は1230年代に造られた。

1300年、ダブリン大主教フェリングスは2つの大聖堂を統合するための協定 (Pacis Compostio) を取り決めた。これは双方とも司教座聖堂として認められている2つの大聖堂が分有する形となっていた権限を順応させるための対策であった（詳しくは#2つの大聖堂問題を参照）

1358年まで、大聖堂の身廊はある程度世俗の目的に使われており、また「long quire」と呼ばれる部分が追加され、以前のクワイヤ部分からすると10メートルほど広くなった。1487年に大聖堂はヘンリー7世を廃位するために担ぎ出されそれに失敗した少年であるランバート・シムネルの「イングランド王エドワード6世」としての戴冠式に使われた。1493年にはクワイヤ学校が設立された。

1539年、イングランド王ヘンリー8世はクライストチャーチを、修道分院から首席司祭 (Dean) と大聖堂参事会 (Chapter) からなる大聖堂に変え、またクライストチャーチが王による新しい構造（アングリカニズム）をはっきり支持することを確実にするために行動した。

エドワード6世は1547年、大聖堂の人員増強のための資本と、国王の年次資産をクワイヤ学校のために供給した。また、エドワード6世の治世では、聖パトリック大聖堂は公式に抑圧され、1547年4月25日、それらの銀、宝石や装飾品はクライストチャーチに移されその首席司祭と聖堂参事会のものとなった。この出来事はメアリー1世治世下に1558年4月27日付けで発行された公文書によって終わりを告げた。公文書は首席司祭のトマス・レヴェロスと聖パトリック大聖堂の聖堂参事会の間で交わされ、クライストチャーチ大聖堂に属する道具、家財、楽器、その他、およびクライストチャーチの首席司祭および聖堂参事総会の所有しているものの聖パトリックへの譲渡もしくは受領という内容で構成されていた。

メアリー1世、そして後のジェームズ1世もまたクライストチャーチへの寄進を増やした。その一方で1551年には礼拝が従来のラテン語に代わって英語によって行われ、さらに1560年には聖書が同じくラテン語から英語で読まれた。いずれもアイルランドで初めてのことである。

身廊の基礎は泥炭層の上に建てられていたため1562年に滑ってしまい、南側の壁とアーチ構造の石屋根（北側の壁側。壁は現在では明らかに傾いた状態で建っている。大部分は1230年に作られたもの）は倒壊してしまった。一部の修理は行われたものの、多くの瓦礫と化した部分はさら地のままであり、新しい床板は1871年まで再建されなかった。

17世紀にはクライストチャーチのそばの建物で議会と法廷がともに開かれた。ジェームズ2世はその場所での議会開設を統括した。しかしながら、その後議会と法廷はともに別の場所（法廷はフォー・コーツに新しく建てられ、議会は現カレッジ・グリーン (en) にあるチチェスター・ハウス）に移転した。大聖堂は、幾分かの工事は1829年から1831年の間に執り行われたものの、19世紀の大部分において聖パトリック大聖堂と同じく悲惨な管理状態であった。

ダブリン、マウント・アンビルのウイスキー製造業者ヘンリー・ロウの後援のもと、大聖堂はビクトリア朝時代に広く修復が行われた。彼はまた、聖マイケル教会の遺構を流用して大聖堂に隣接する会議場を建て総会を主催し、さらにダブリン、グレンダーロッホ、そしてキルデアからなる主教区会議を主催した。ロウはこれらに当時の23万ポンド以上を出資していた。これは2006年期のユーロ換算で2600万ユーロ（その年の日本円に換算すると36億5000万円）以上である。

特に1980年から1982年の間に更なる改装が行われた。