マータラは歴史的にはルフナと呼ばれる領域の一部であった。都市の中央にある寺院は古代の王により建てられたもので、現代ではこの地域における仏教の重要な聖地となっている。16世紀から18世紀にかけて、マータラはポルトガルとオランダの支配下に置かれており、その文化と建築物は今でもマータラに残されている。デウンダラ岬の灯台はオランダにより建てられたもので、スリランカでも最も古く、そして美しい灯台の一つである。市内にそびえる2つの要塞もポルトガルとオランダにより作られたものである。その他のオランダ時代の重要な建物としては、セント・マリア・チャーチとNupe junctionのマーケットがある。

マータラではシンハラ人が多数派を占めるが、16世紀から17世紀にかけてこの地にはアラビアから多くのムーア人が交易に訪れており、今日でもその子孫が少数派として居住している。

マータラは、2004年12月のスマトラ島沖地震における津波において、深刻な被害を受けた。