セイジスフィヨルズルへの入植は、アイスランドの歴史の中でも早い方であった。最初の入植者はビョゥルブル（Bjólfur）であり、このフィヨルドの全体を治めた。ソルンナルスタジル (Þórunnarstaðir) にある焼けた教会の遺跡は、炭素年代測定により10世紀のものとされており、墓地の発掘では8世紀のものが見つかっている。

セイジスフィヨルズルの街としての発展はノルウェーの漁師たちにより1848年に始まった後、彼らによる木造の建築物が現在も残っている。上述のヴェストダールスエイリには世界初の近代的な、工業化された捕鯨基地があった。この捕鯨基地は1864年にアメリカの捕鯨漁師であったトーマス・ウェルカム・ロイス（英語版）が建設し、1866年まで彼らが捕鯨基地および貿易拠点の営業をしていた。セイジスフィヨルズルには1906年、ヨーロッパ大陸とアイスランドを結ぶ初の海底ケーブルが敷設され、20世紀中ごろまでアイスランドの国際通信の拠点として機能した。1930年には村の中心部の川（の上流）にダムが建設され、これによって初めてインフラとして電力が供給され始め、電気による街灯も設置された。第二次世界大戦中には、イギリス及びアメリカの軍の基地としても利用された。現在も、使われていない滑走路や燃料輸送船の El Grillo が爆撃され、沈没したままの様子など、軍の基地としての名残がフィヨルドに散見される。海底に沈む El Grillo はダイバーが潜水し、その様子を見ることができる。

近年では村にあった水産加工所が閉鎖になったため、村の経済は観光に移行しているが、アイスランドの東部には現在も、漁港や造船所などの重要な漁業施設がある。