1789년 6월, 응우옌푹아인(Nguyễn Phúc Ánh/ 阮福暎 완복영)은 분열되어있던 베트남을 통일하고 스스로 자롱제로 등극했다. 지관들의 오랜 상의와 토론을 통해, 새로운 황궁과 도시를 어디에 지을지 결정했고, 후에가 적지로 정해지자 1804년 건축이 시작되었다. 수천명의 인부들이 동원되었고, 10km에 달하는 해자, 거대한 벽, 지반들을 지었다.

후에 황궁은 자금성을 본떠 만들었지만, 자금성이 완벽한 남향인 반면 후에 황궁은 그 축이 동남쪽을 향해 흐엉강을 바라보게 되어있다. 황궁에는 자금성과 마찬가지로 거대한 궁전, 정원, 누각들이 들어가 있었다. 이 곳은 1880년에 프랑스 군대가 쳐들어와 베트남의 주권을 빼앗기 전까지 베트남의 정치적, 상징적 중심지였다. 또한 응우옌 왕조가 1945년까지 겨우 명맥을 지속할 때까지, 명목상 베트남의 정식 수도였다. 당시 황궁에는 여러 건물들과 수백개의 방들이 있었으나, 1945년 왕정제가 폐지되며 주인이 사라지자, 황궁은 수많은 약탈, 자연재해에 시달리게 되었다. 가장 큰 피해는 20세기에 베트남 전쟁 당시 입게 되었으며, 그 흔적은 아직까지도 궁전의 벽들에 남아있는 총탄 자국들로 찾아볼 수 있다.

1947년 반군들이 황궁을 점령하였고, 프랑스군과의 격전이 이 곳에서 이루어지며 주요 전각들과 행랑들이 모두 불타버리고 말았다.

1968년, 북베트남 군대가 후에를 점령하기 위해 이 곳에 화력을 퍼부었고, 이미 심각하게 훼손된 상태였던 후에 황궁은 거의 반파 상태로 전락했다. 당시 미군은 문화재 보존을 위해 황성과 문화재 보존 구역에서는 함부로 화력을 사용하지 말 것을 병사들에게 지시했으나, 시가전이 벌어지고 병사들이 그런 것까지 신경쓰지 않게 되며 황성은 또한번 피해를 입게 된다.

황궁에서 남베트남 군대와 북베트남 군대가 직접 충돌하였으며, 군대가 서로에게 공습을 가하며 160개가 넘던 건물들 중 겨우 10개만이 살아남았다. 1993년에 유네스코 세계문화유산으로 지정되었으며, 아직까지도 복구, 복원 작업이 이루어지고 있다. 가장 최근의 복원 프로젝트는 2015년에 모두 끝났다.