리스본의 이름에 대해서는 여러 설이 있다. 우선 기원전 1200년경 영국의 콘월 지방을 왕래하던 페니키아인이 세운 항구에서 유래했다는 설이다. 당시 타구스강(포르투갈어로 테주강) 하구에 세워진 이 항구 도시는 페니키아어로 안전한 항구를 뜻하는 알리스 웁보(Allis Ubbo)라 이름 지어졌다고 추정되며, 여기서 리스본이란 이름이 유래했다는 설이다. 또는 로마 이전의 타구스강의 이름인 리소(Lisso) 혹은 루키오(Lucio)에서 이름이 유래했다는 이야기도 있다. 로마 시대에는 올리시포(Olisipo) 혹은 그리스어로 올리시포나(Olissipona, Ολισσιπόνα)라는 이름으로 알려져 있었고, 올리시포나는 이후 민중 라틴어에 정착했다. 로마 제국 당시 카이사르에 연유하여 펠리키타스 율리아(Feilcitas Julia)라고 불렸다. 서고트족의 지배를 거쳐, 716년부터 이슬람의 지배 아래 있었다. 1143년 카스티야 왕국에서 독립한 포르투갈 국왕 아폰소 1세는 북방 십자군의 지원을 얻어 1147년 10월 24일 리스본을 해방시켰다. 1249년 아폰수 3세의 알가르브 정복에 의해 포르투갈의 레콘키스타가 완료되자 남부의 중요성이 높아져 13세기 중엽부터 리스본은 코임브라를 대신하여 포르투갈의 수도가 되었다.

그 이후 리스본은 지중해와 북해를 연결하는 무역로의 중계지로서 발전, 1383∼1385년 포르투갈 독립의 위기 때에는 리스본의 부르주아가 독립을 지키기 위해 결정적인 역할을 하였다. 리스본 시정은 24인의 길드 대표로 구성된 24인회에 의해 이루어졌다. 1498년 바스쿠 다가마의 인도 항로 개척에 힘입어 번영하였다. 그때까지 상 조르즈 성에만 있던 국왕은 테주 강가에 왕궁을 세웠으며 이어서 제로니무스 수도원, 벨렝 탑 등 마누엘 양식을 대표하는 건조물이 세워졌다.

1755년 11월 1일 낮 9시 40분, 포르투갈 서부 지역에 진도 9의 대지진이 발생했다. 진앙은 포르투갈 남서쪽으로 200km 떨어진 대서양 해저로 추정된다.[1] 시가지 대부분이 폐허화되자 폼발 후작은 시가지를 바둑판 모양으로 구획하고 가옥의 배열도 이른바 폼발 양식으로 통일하여 리스본은 계몽사상을 구현한 근대도시로 변모하였다.