바릴로체라는 이름은 “산 뒤에서 온 사람들”이라는 의미의 마푸둥군어 단어 부릴로체(Vuriloche)에서 왔다. 부릴로체 패스는 사용된다. 부릴로체 통로는 포야 족들이 안데스 산맥을 건너는데 사용되었으며, 유럽 선교사들에게는 오랫동안 비밀로 유지되었다.

나후엘 후아피 호수 지역을 방문한 최초의 스페인인은 예수회 성직자였던, 〈디에고 데 로잘레스〉였다. 그는 칠레 프란시스코 안토니오 데 아쿠냐 카브레라 y 베요나의 주지사에 의해 그 지역에 요청을 받았다. 그는 토착민인 푸엘체 족과 포야 족이 1649년 루이 폰세 데 레온에 의한 노예 사냥 탐사 이후에 불안해 하지 않을까 걱정했다. 디에고 데 로살레스는 마무일 말랄 통로를 통해 안데스 산맥을 넘었는데, 그 후 그는 동쪽의 안데스 계곡을 따라 남향을 하여 여행을 하다가 1650년 나후엘 후아피 호수에 도달했다.

1672년에 칠로에 섬에 세워진 예수회는 나후엘 후아피 호수를 발견했고 이후 1717년까지 지속되었다.

베릴로체의 근대의 정착은 란퀴후에 지역에 칠레 이민자인 카를로스 위에데르홀드가 세운 가게의 발전으로부터 시작되었다. 위에데르홀드는 안데스 산맥을 건너와 "라 알레마나"라는 이름의 가게를 현재의 시 중심 부근에 차렸다.

이 가게를 중심으로 작은 정착촌이 형성되기 시작하였고, 1895년 경에는 오스트리아인, 독일인, 슬로베니아인, 칠레인 그리고 벨루노에서 온 이탈리아인들이 정착촌의 주민을 구성하고 있었다.