이 수도원은 13세기 동안에 시몬 아토니테에 의해 설립되었다. 후일에 그는 동방정교회에 의해 시몬 밀로호블레테스라는 이름의 오시오스로 시성되었다. 성전(聖傳)에 의하면, 근처 동굴에 기거하던 시몬의 꿈속에서 테오토코스가 나타나 그에게 그와 수도원을 보호하고 부양할 것을 약속하며 바위 꼭대기에 수도원을 건축하라고 지시했다고 한다. 본래의 수도원은 시몬에 의해 신 베들레헴(그리스어: Νέα Βηθλεέμ)이라고 불렸고 지금까지도 예수의 탄생에 봉헌된다.

1364년에, 세르비아인 데스포트 조반 우글례사는 수도원의 보수와 보수에 자금을 댔다. 1581년에, 시모노페트라는 화제로 파괴되었고, 그 때에 상당수의 수사들이 죽었다. 이 수도원의 대수도원장인 에베니오스는 수도원 재건축 자금의 증가를 희망하는 다누비아의 공국들을 방문했다. 가장 중요한 기증자는 왈라키아의 왕자인 용감한 미카엘로, 그는 수도원에 돈 뿐만아니라 큰 넓이의 토지도 기부했다. 후년에 가서, 1626년에도 화재가 발생 했고, 1891년에는 마지막 대화재가 발생했다. 그 이후에 이 수도원은 현재의 형태로 재건축되었다.

최근 몇 세기 동안에, 이 수도원의 수사들은 소아시아에 있는 이오니아에서 왔다고 전해진다. 그러나, 20세기 중엽 동안에, 새로운 수사들의 유입이 대거 감소함으로 인하여 수사단의 인원도 매우 적었다. 1973년에 아토니테 공동체가 버려진 대부분의 수도원들에 다시 사람이 거주하게 하겠다고 결정하였으므로, 현재의 번영하는 수사단은 메테오라에 있는 대 메테오라의 성 수도원에서 비롯된다.