Bagano miestas įkurtas II a. karaliaus Tamudarito, bet tradiciniu įkūrėju laikomas karalius Anavrata (XI a.), kuris Baganą pavertė Pagano karalystės (Pirmosios Mianmaro imperijos) sostine. Miestas tapo religiniu centru ir XI–XIII a. čia kūrėsi šventyklų kompleksai, vienuolynai. Į Baganą vyko vienuoliai, studentai iš Indijos, Tailando, Kambodžos. XIII a. pab. Mianmarą užėmus mongolams, Bagano svarba sunyko.

1975 m. miestas nukentėjo nuo žemės drebėjimo, buvo sugriauta daug architektūros paminklų.[1]

UNESCO Baganą bandė įtraukti į pasaulio paveldo sąrašą, tačiau Mianmaro karinė chunta tam pasipriešino. 2019 m. įrašytas.[2] Kol kas tai yra vienintelis Mianmaro objektas įtrauktas į šį sąrašą.