Miestas iškilo Antikos ir Bizantijos epochų laikotarpiu vietoje Kidonijos gyvenvietės. Chanijoje Venecijos valdymo laikais buvo įkurta sostinė. 6 km į šiaurės vakarus nuo Chanijos Akrotiri pusiasalio (Χερσόνησος Ακρωτήρίου) sąsmaukoje yra įsikūrusi karinė bazė bei Britanijos tautų sandraugos karių kapinės, kuriose palaidota daugiau kaip 1500 britų, australų ir Naujosios Zelandijos karių, žuvusių Kretos mūšyje.