Gisaro slėnis žinomas istoriniuose šaltiniuose dėl to, kad čia būta karavanų kelio (Didysis Šilko kelias). Iki arabų užkariavimų čia būta mažų Acharuno bei Šumano valstybėlių. Kai šias teritorijas užkariavo arabai, vietiniai gyventojai priėmė islamą. IX–X a. teritorija priklausė Samanidų valstybei. O XI–XIX a. miestas priklausė įvairioms valstybėms, būta net savarankiško Gisaro chanato, bet ši valstybėlė buvo prijungta prie Bucharos emyrato. Vėlesniais metais radosi nepriklausomas Gisaro chanatas, kuris buvo nepriklausoma valda, bet ilgainiui pateko į Bucharos bei Kokando priklausomybę. Sumenkus Kokando įtakai, visas regionas tapo Bucharos emyrato dalimi.

Iki mūsų dienų išliko tvirtovės griuvėsiai, kurie žinomi kaip Gisaro tvirtovė.