Vietovė gyvenama nuo priešistorinių laikų. Randama pūnų juvelyrikos, kapaviečių. Romėnų laikais Sineso vietoje buvo Mirobrigos (prie dabartinio Santjago do Kaseno) uostas bei svarbus žvejybinis centras. Pats vietovardis kildinamas iš lot. sinus („įlanka“ arba „išlinkis“). VII a. Sinesas užimtas vizigotų, vėliau nuniokotas maurų. XIII a. gyvenvietė vėl atsikūrė. 1362 m. Sinesas gavo miestelio statusą, pradėti statyti įtvirtinimai. XV–XVI a. buvo svarbus uostas, prekybinis centras, puldinėtas piratų. XX a. pr. tai buvo nedidelis miestelis, plėtojęs daugiausia žemdirbystę, žvejybą, turizmą. XX a. antroje pusėje pastatytas giliavandenis uostas, imta plėtoti pramonė.

1460 ar 1469 m. Sinese gimė portugalų jūrininkas Vaskas da Gama. Jis gimė Sineso pilyje, kurią valdė jo tėvas, alkaldas Estevanas da Gama.