Pirmie, kas apmetās uz dzīvi salās, bija maldivu un arābu tirgotāji. Vēlāk tās kļuva par tirdzniecības punktu starp Āfriku un Āziju, dažkārt par pirātu apmetni. Pirmie eiropieši, kas apmetās uz dzīvi Seišelās, bija franči, 1742. gadā viņi pārņēma pilnīgu kontroli pār salām.

1770. gadā izveidojās pirmā patstāvīgā apmetne, bet 1771. gadā tika izveidota pirmā garšvielu plantācija, lai Francija varētu konkurēt ar Holandi garšvielu tirgū.

Salas kalpoja par vergu tranzīta punktu starp Āfriku, Indiju un Madagaskaru. Nomaļās atrašanās dēļ salas bieži izmantoja, lai izsūtītu nevēlamas personas. Salās sodu izcietis, piemēram, Francijas troņmantnieks Luija XVI dēls, arī Kipras arhibīskaps, kurš vēlāk kļuva par Kipras prezidentu.

Pēc Lielās Franču revolūcijas no 1794. gada salās 14 gadu laikā septiņas reizes mainījās britu un franču pārvaldība. 1811. gadā salas okupēja britu armija. 1814. gadā Parīzes vienošanās noteica, ka salas pieder Britu impērijai.

1853. gadā tika pārtraukta verdzība. 1976. gadā Seišelu salas ieguva neatkarību no Britu impērijas un kļuva par vienu no Nāciju Sadraudzības dalībvalstīm. 1977. gadā valstī notika apvērsums, kura laikā tika gāzts pirmais Seišelu prezidents, viņu nomainīja Alberts Renē, kurš bija Seišelu prezidents līdz 2004. gadam.

2013. gada janvārī salās tika izsludināts ārkārtas stāvoklis tropiskā ciklona dēļ, kas izraisīja lietusgāzes, plūdus un zemes nogruvumus, iznīcinot simtiem māju.