နိဟွန်းကျောင်းတော်ကို နာရခေတ် ၇၂၅ တွင် ဧကရာဇ် ရှိုးမု၏ အမိန့်ဖြင့် ဘုန်းတော်ကြီး ဂယေားခိ (၆၆၈ − ၇၄၉) က တည်ဆောက်ခဲ့သည်။ ကျောင်းတော်ကို ဧကရာဇ် အမိန့်ဖြင့် တည်ဆောက်ခဲ့ကြသည်ဟု သုံးသပ်ကြသည်။ ဘုန်းတော်ကြီး ဂယေားခိသည် ကျောင်းတော်ကို ဟော့ဆိုးဂိုဏ်းကျောင်းတော်အဖြစ် တည်ဆောက်ခဲ့သည်။ ထိုကာလများတွင် ကျောင်းတော်သည် ကြီးမားသည့် အခန်းကြီး ၇ ခန်း၊ ၁၂ ခန်း ရှိပြီး ရဟန်းများ ၁၀၀ ပါးနေရန်အတွက် အိမ်များလည်း ရှိခဲ့သည်။[၁] နိဟွန်းကျောင်းတော်ကို ရိုးဘန်း (၆၈၉ − ၇၇၄) သည် နာရခေတ်တွင် လည်ပတ်သွားရောက်ခဲ့သည်။ ရိုးဘန်းသည် ခဲဂွန်ဂိုဏ်း၏ ရဟန်းတစ်ပါးဖြစ်ပြီး နာရရှိ တိုးဒိုင်းဂျိ (Tōdai-ji) ကို တည်ထောင်သူ ဖြစ်သည်။ နောင်အခါ ခူးခိုင် (၇၇၄ − ၈၃၅) သည် နိဟွန်းကျောင်းတော်သို့ သွားရောက်ခဲ့သည်။ ခူးခိုင်သည် ရှင်ဂွန်ကျောင်းကို တည်ထောင်သူ ဖြစ်သည်။ ၈၅၇ တွင် ဘုန်းတော်ကြီး အန်နင်း (၇၉၃ သို့မဟုတ် ၇၉၄ − ၈၆၄) သည် ကျောင်းတော်သို့ သွားရောက်လည်ပတ်ခဲ့သည်။ နိဟွန်းကျောင်းတော်သည် ဗုဒ္ဓဘာသာ၏ တန်းဒိုင်းကျောင်းအဖြစ်သို့ ပြောင်းလဲခဲ့သည်။

Minamoto no Y oritomo သည် နိဟွန်းကျောင်းတော်ကို ပြန်လည်တည်ဆောက်ရာတွင် ပါဝင်ဆောင်ရွက်ခဲ့သည်။[၂] သူသည် ၁၁၈၁ ခုနှစ်တွင် ဂျိဇိုးရုပ်တုကို ဟိုးဒိုး(法堂)ဟောပြောခန်းမတွင် စီစဉ်ထားရှိခဲ့သည်။ ၁၂၇၁ တွင် ထိုဧရိယာသည် နိခိုင်ဒိုးဂိုဏ်း၏ ထိန်းချုပ်မှုအောက်သို့ ရောက်ရှိခဲ့သည်။ နိဟွန်းကျောင်းတော်ကိုလည်း ထိုဂိုဏ်း၏ သမိုင်းတွင် A wa no Kuni Nihon-ji ဟု ဖော်ပြခဲ့ကြသည်။ ၁၃၃၁ ခုနှစ် ပြည်တွင်းအရှပ်အထွေးတစ်ခုတွင် နိဟွန်းကျောင်းတော်သည် မီးဘေးသင့်ခဲ့သည်။[၁] ကျောင်းတော်၏ ပုံသဏ္ဌာန်များ၊ ဒိုးအုခန်းမ စသည်တို့ ပျက်စီးခဲ့သည်။ အရှိခဂတခအုဂျ (၁၃၀၅ − ၁၃၅၈) သည် နိဟွန်းကျောင်းတော်ကို ပြန်လည်ပြုပြင်တည်ဆောက်ခဲ့သည်။ ဒိုးအုခန်းမကို ပြန်လည် တည်ဆောက်ခဲ့သည်။

၁၇၇၄ ခုနှစ်တွင် ဧကရာဇ်ဂုဒန်း (愚伝) သည် ကျောင်းတော်ကို ပြန်လည်ကောင်းမွန်လာစေရန် အကြီးစားပြုပြင်မှုများ လုပ်ခဲ့သည်။ ၁၇၇၄ ခုနှစ်တွင်ပင် ဂုဒန်းသည် ဒိုးဂုခန်းမ၊ အခြားသော အဆောက်အဦးနေရာများကို နိုခိုဂိရိတောင်၏ တောင်ဘက်သို့ နေရာပြန်လည်ချထားခဲ့သည်။[၁] ထိုကာလတွင်ပင် ဗုဒ္ဓရုပ်ပွားတော်ကြီးကို ပြုလုပ်ခဲ့သည်။ အာဟတ်ကျောက်တုံးရုပ်တုများကိုလည်း ၁၅၅၃ ခုနှစ်တွင် ပြုလုပ်ခဲ့သည်။

နိဟွန်းကျောင်းတော်သည် anti-Buddhist haibutsu kishaku လှုပ်ရှားမှု(1868-c.1874 )တွင် ဖျက်ဆီးခံခဲ့ရသည်။ ဗုဒ္ဓဘာသာနှင့် သက်ဆိုင်သည့်အရာများစွာတို့သည် ဂျပန်နိုင်ငံတစ်ဝန်းလုံး များစွာဖျက်ဆီးခံခဲ့ရသည်။ နိဟွန်းကျောင်းတော်ရှိ အဆောက်အဦများလည်း ဖျက်ဆီးခံခဲ့ရသည်။[၃] ထိုကာလတွင်ပင် များစွာသောအာဟတ်ရုပ်တုများသည် ခေါင်းဖြတ်ကာ အဖျက်ဆီးခံခဲ့ရသည်။[၁] ၁၉၁၆ တွင် နိဟွန်းကျောင်းတော်အား ပြန်လည်ပြုပြင်မှုများ စတင်ခဲ့သည်။ ၁၉၃၉ ခုနှစ်တွင် ငလျင်တစ်ခု လှုပ်ခတ်ခဲ့သည့်အတွက် ကျောင်းတော်သည် ပျက်စီးခဲ့ရပြန်သည်။ ဒိုးအုခန်းမ၊ ရုပ်တုများ၊ ထိန်းသိမ်းထားသည့် ဗုဒ္ဓဆိုင်ရာအကြောင်းအရာများသည် ထိုငလျင်လှုပ်ခတ်၍ ဖြစ်ပေါလောင်ကျွမ်းခဲ့သည့် မီးကြောင့် ပျက်စီးခဲ့သည်။ ၁၉၈၉ တွင် အိန္ဒိယနိုင်ငံအစိုးရသည် ဗောဓိပင်ပျိုနှင့် နိဟွန်းကျောင်းတော်အား  ကမ္ဘာ့ငြိမ်းချမ်းရေး၏ ပြယုဂ်တစ်ခု ဖြစ်သည်ဟု ဖော်ပြခဲ့သည်။ ယခုအချိန်တွင် နိဟွန်းကျောင်းတော်သည် ကမ္ဘာလှည့်ခရီးသွားများကို အဓိကဆွဲဆောင်လျက်ရှိသည့် ခရီးသွားနေရာတစ်ခု ဖြစ်နေသည်။