Choquequirao (muligens fra Quechua chuqi metall, k'iraw crib, cot) er et inkaområde i Sør-Peru, lik struktur og arkitektur til Machu Picchu. Ruinene er bygninger og terrasser på nivåer over og under Sunch'u Pata, den avkortede bakketoppen. Bakketoppen ble fordums planert og omkranset med steiner for å lage en plattform på 30 x 50 m.

Choquequirao i en høyde av 3050 meter (10 010 fot) ligger i utløpene til Vilcabamba-fjellkjeden i Santa Teresa-distriktet, La Convención-provinsen i Cusco-regionen. Komplekset er på 1800 hektar, hvorav 30–40 % er utgravd. Området har utsikt over Apurimac-elven, som har en høyde på 1450 meter (4760 fot).

Nettstedet nås med en to-dagers fottur fra utenfor Cusco. Choquequirao har toppet i den prestisjetunge Lonely Planet's Best in Travel 2017 Top Regions-listen.