Kilwa Kisiwani er et muslimsk samfunn på en øy utenfor kysten av Tanzania, i Øst-Afrika.

På 800-tallet ble øya solgt til handelsmannen Ali bin Al-Hasan. I løpet av de neste århundrene utviklet stedet seg til en betydelig by og et knutepunkt for handel langs Afrikas østkyst. Varene omfattet gull og jern fra Zimbabwe, elfenben og slaver fra Tanzania, og tekstiler, smykker, porselen og krydder fra Asia. På 1200-tallet var byen den mektigste på østkysten, og da Ibn Battuta besøkte byen rundt 1330 skrøt han av den tro og ydmykhet han fant hos herskeren, Sultan al-Hasan ibn Sulaiman. Byens palass skriver seg fra denne perioden, det samme gjør en utvidelse av stormoskeen. Handelen ga et økonomisk overskudd som ble kanalisert inn i imponerende bygg av stein og koraller.

Byen ble erobret av portugisere i 1505, men gjenvunnet av arabere i 1512. Byen kom under omansk kontroll i 1784, og Frankrike bygget et kystfort nord på øya kort tid etter. Selve byen ble imidlertid forlatt i 1840-årene.

Songo Mnara, som også har storslagne ruiner etter palass og moskeer, ligger på en øy rett sør for Kilwa Kisiwani.

Siden 2004 har ruinene stått på listen over truede verdensarvsteder.

Ruinene kan besøkes, med tillatelse fra lokale myndigheter. Adgang fra kystbyen Kilwa Masoko med dhow.