In de 791 werd er door de Franken een wachttoren gebouwd, de Tour Matafère, midden in het moeras. Er was toen een kleine nederzetting waarvan de bevolking leefde van de visvangst en de zoutwinning. Niet veel later werd de benedictijner abdij van Psalmody gesticht.[1]

De stad is in de 13e eeuw gebouwd als uitvalsbasis voor de kruistochten voor de Franse koning, die liever niet in een vreemde haven als Marseille inscheepte. In die periode lag Aigues-Mortes nog direct aan zee en Aigues-Mortes was dus de eerste Franse uitweg naar de Middellandse Zee.

Koning Lodewijk IX, de Heilige, kreeg van monniken uit de abdij van Psalmody een stuk zoutmoeras en liet er de stadskern tussen 1246 en 1272 bouwen. De koning verleende in 1246 een stadscharter om zo inwoners aan te trekken. De stadsmuren zijn er tussen 1272 en 1310 omheen gebouwd. In 1248 al vertrok hier de Zevende Kruistocht naar Cyprus, een vloot van 1500 schepen met 35.000 mannen. In 1270 vertrok Lodewijk de Heilige hier voor de Achtste Kruistocht, ditmaal naar Tunis.

In 1418, tijdens de Honderdjarige Oorlog werd de stad ingenomen door een Bourgondisch leger. In 1421 werd de stad na een lang beleg weer heroverd door de Armagnacs.[2] De dode Bourgondiërs werden in afwachting van een begrafenis in een toren gelegd, die sindsdien de Tour des Bourguignons heet. Na de inlijving van Provence bij Frankrijk in 1481 nam Marseille de strategische rol van Franse haven aan de Middellandse Zee over. De haven van Aigues-Mortes verzandde door aanslibbingen van de Rhône en intussen ligt de stad zeker vijf kilometer van de zee vandaan.

In juli 1538 kozen keizer Karel V en koning Frans I van Frankrijk de haven om de Vrede van Nice verder uit te diepen. Hun persoonlijke ontmoeting leidde tot een onverwachte doorbraak.[3] Er kwamen wederzijdse huwelijksbeloftes en een tienjarig staakt-het-vuren, dat standhield tot de hervatting van de vijandelijkheden in 1542. In 1576 werd Aigues-Mortes een place de sûreté voor de hugenoten.[4]

In de 18e eeuw raakte Aigues-Mortes in verval.

In 1893 vond een pogrom plaats tegen Italiaanse seizoensarbeiders werkzaam in de zoutpannen van Aigues-Mortes.[5] Die zomer had de Compagnie des Salins du Midi een duizendtal arbeiders gerekruteerd, met naast Piëmontezen ook Franse boeren en vagebonden. Na een gevecht binnen een gemengde groep werden de Italianen op 17 augustus heftig belaagd door collega's en door de plaatselijke bevolking. De belagers namen er geen genoegen mee dat de gendarmerie de immigranten naar het station begeleidde met het oog op uitzetting. Met stokken, stenen en geweren richtten ze een lynchpartij aan. Officieel stierven acht Italianen door verwondingen of verdrinking. Vele tientallen raakten gewond. De zaak leidde tot bilaterale spanningen tussen Frankrijk en Italië. De Franse ambassade in Rome werd aangevallen. Op het strafproces in Angoulême sprak een jury op 30 december alle zestien beschuldigden vrij. Diplomatiek kende Frankrijk schadevergoeding toe aan de slachtoffers en kreeg het zelf een bedrag voor de schade aan de ambassade.