Sinds 1835 werd een collectie artefacten uit het Oude Egypte door de Egyptische overheid verzameld en tentoongesteld in een bouwwerk bij de Ezbekiehtuinen in Cairo. De groeiende collectie verhuisde wegens plaatsgebrek naar de Saladincitadel van Cairo maar werd in 1855 bijna in zijn totaliteit geschonken door de Egytische regering aan aartshertog Maximiliaan van Oostenrijk, toen in zijn functie van opperbevelhebber van de österreichische Kriegsmarine. Deze collectie zou enkele decennia later bij de opening van het Kunsthistorisches Museum in Wenen heropduiken.

De collectie van het Egyptisch Museum is ontstaan met een verzameling van de vondsten die egyptoloog Auguste Mariette heeft gedaan, en werd in 1858 de basis van een nieuw museum in Cairo. Dit bouwwerk aan de oevers van de Nijl en de collectie werden getroffen in 1878 door waterschade nadat de stroom buiten zijn oevers trad. Vanaf 1880 was het museum ondergebracht in het voormalige paleis van kedive Isma'il Pasha, die door de Britten in 1879 was verdreven. In 1902 verhuisde het Egyptisch Museum naar het centrum van Caïro, naar een bouwwerk naar plannen van de Franse architect Marcel Dourgnon, gebouwd aan de noordzijde van het Tahrirplein tussen 1897 en 1902 door de Italiaanse bouwfirma Giuseppe Garozzo & Francesco Zaffrani.

Reeds in 2002 werd de beslissing genomen een deel van de belangrijkste collecties van het museum op termijn te verhuizen naar een nieuw gebouwde museumsite die meer plaats moest bieden, moest toelaten dat de collectie beter ontsloten werd en beter aansloot bij de toeristische werelderfgoedsite van de Necropolis van Gizeh bij Gizeh, een voorstad van Caïro enkele kilometers ten zuiden van het stadscentrum. Dat jaar werd een symbolische eerstesteenlegging georganiseerd, en een architectuurwedstrijd opgestart in het perspectief een decennium later het nieuwe bouwwerk in gebruik te kunnen nemen. Het resulterende Groot Egyptisch Museum zal ten vroegste in 2021 de deuren openen.

In 2011, tijdens protesten tegen president Moebarak, werd het museum geplunderd en verdwenen twee faraobeeldjes. Enkele tweeduizend jaar oude mummies werden bovendien beschadigd.

Op 3 april 2021 sloot het Egyptisch Museum tijdelijk de deuren, voor een reorganisatie en herinrichting van de tentoonstellingszalen na de verhuis van de koninklijke mummies, een belangrijk deel van de collectie, naar het Nationaal Museum van Egyptische Beschaving.