De stad werd gesticht op een oude nederzetting door graaf Vimara Peres, kort daarna vestigde hij het eerste graafschap van Portugal (in 868). Als de eerste hoofdstad van Portugal stond Guimarães aan de wieg van het nieuwe land. In 1095 vestigde graaf Hendrik van Portugal, getrouwd met prinses Teresa van León, in Guimarães het tweede graafschap van Portugal (Condado Portucalense). Op 25 juli 1109 werd Afonso Henriques, zoon van graaf Hendrik van Portugal, geboren in Guimarães. In deze stad riep hertog Afonso Henriques (Alfons I van Portugal) de Portugese onafhankelijkheid uit van het koninkrijk León. Portugal legt de oorsprong van het land op 24 juni 1128 met de Slag bij São Mamede. Afonso riep zichzelf uit tot de eerste prins van Portugal en in 1139 als de eerste koning van Portugal. In 1143 werd Portugal officieel erkend op de Conferentie van Zamora, met de prins als Dux Portucalensis. In 1179 werd Afonso I door de paus tot koning uitgeroepen. Na de Slag bij São Mamede werd de eerste hoofdstad Guimarães. Later regeerde de koning vanuit Coimbra.