De Juat Nyungah Aborigines waren de oorspronkelijke bewoners van de streek.[1] In de grotten rond Jurien Bay werden stenen aboriginesartefacten gevonden. Het gebied tussen Green Head en Jurien Bay bevat het hoogste aantal stortplaatsen (En:middens) van door Aborigines achtergelaten mosselschelpen in het zuidwesten van West-Australië.[2]

Reeds vanaf de 17e eeuw voeren Europese ontdekkingsreizigers langs de West-Australische kust. Jurien Bay werd op 1 juli 1801 door Louis de Freycinet, lid van van een Franse expeditie onder het gezag van Nicolas Baudin, naar Charles Marie Jurien vernoemd, een ambtenaar van La Royale. Kapitein Philip Parker King bezocht de baai met de brik Bathurst in 1822 en luitenant William Preston met de schoener Thetis in 1830. In 1865 werd de baai opgemeten door James Harding, de havenmeester van de haven van Fremantle. Een uitgebreidere studie werd in 1875 uitgevoerd door stafchef W.E. Archdeacon.[3]

In de jaren 1850 nam Walter Padbury grond op in de streek. Zijn neef John Grigson beheerde de pastorale lease voor hem. In 1885 werd een aanlegsteiger gebouwd vanwaar men wol, graan, dierenhuiden en vleermuizenmest verscheepte. In het begin van de 20e eeuw werd voor de kust aan visvangst gedaan en ontstond er een tijdelijk vissersdorpje in de omgeving van de aanlegsteiger. In 1931 werd een kerk gebouwd. Tijdens de Tweede Wereldoorlog werd ze afgebroken opdat ze niet als oriëntatiepunt bij Japanse luchtaanvallen zou dienen. In de jaren 1950 begon men er vakantiehuisjes te bouwen. Het plaatsje Jurien Bay werd officieel gesticht in 1956. Drie jaar later werd de naam veranderd naar Jurien maar in 1999 werd het terug Jurien Bay. In de jaren 1960 ontwikkelde er een kreeftindustrie. Er werden nieuwe aanlegsteigers en een startbaan gebouwd. In 1988 kreeg Jurien Bay een jachthaven.[4][3]