Kashgar was aanvankelijk een stadstaat in Sinkiang, één van de Zesendertig Rijken van de Westelijke Gebieden genoemd in de Chinese kronieken.De eerste vermelding gaat terug tot de 2e eeuw v.Chr., wanneer het vermeld wordt als hoofdstad van het koninkrijk Shule.

Tot de 8e eeuw werd de stad herhaaldelijk door Turken en Han-Chinezenonderworpen (onder meer protectoraat van de Westelijke Han-dynastie, 1e eeuw v.Chr.). De stad lag strategisch aan de Zijderoute, waar deze samenkwam met de hoofdweg van de Indus over de Karakorum naar Islamabad. In 78 n.Chr. werd er een Chinees garnizoen gelegerd.

De stad kwam aan het eind van de 7e eeuw in handen van de T'ang-dynastie en hierna achtereenvolgens in handen van Turkse Karlukken (8e eeuw), Oeigoeren (10e–11e eeuw) en Kara-kitai (12e eeuw). Met de verovering door de Mongolen in 1219 begon een bloeiperiode, die eindigde met de plundering door Timoer Lenk (14e eeuw).

Ten tijde van de Tj'ing-dynastie werd de stad weer Chinees (1755). Sindsdien is de stad herhaaldelijk het toneel geweest van islamitische opstanden (met name 1862–1875 en 1928–1937). In de 19e eeuw riep de Centraal-Aziatische krijgsheer Yakub Beg zich uit tot khan van de staat Kashgarië. Na zijn dood in 1877 kwam het gebied weer onder Chinees bestuur.

Begin augustus 2008 was Kashgar het toneel van een aanslag tegen de Chinese grenspolitie. Daarbij werden volgens het Chinese staatspersbureau Xinhua zestien agenten gedood en zestien raakten gewond. Twee personen reden met een bestelwagen de grenspost in Kashgar binnen en wierpen twee granaten, die ontploften. Volgens de Chinese politie had de aanslag een terroristisch karakter en zou hij gelinkt kunnen zijn aan een militante separatistische groep, de Islamitische Partij van Turkestan.

  Zie ook: Geschiedenis van Xinjiang