Volgens schrijver Nikolaj Voronin liet Andrej Bogoljoebski de kerk in 1165 bouwen ter aandenken aan zijn jonge zoon Isjaslav, die sneuvelde tijdens een veldtocht tegen de Wolga-Bulgaren. Recentelijk is dit echter in twijfel getrokken omdat Isjaslav stierf tijdens de herfst en het onmogelijk lijkt dat de kerk tijdens de winter werd gebouwd. Schilder-historicus Sergej Zagrajevski kwam na bestudering van de annalen tot de conclusie dat de kerk eerder, rond 1158, moet zijn gesticht. De naam Bescherming van de Moeder Gods komt wel van Bogoljoebski, daar deze dit feest instelde in Rusland in het midden van de 12e eeuw en waarschijnlijk is dit dan ook de eerste kerk die hiernaar werd vernoemd.

Volgens een legende die verbonden is aan Bogoljoebski zou de witte steen voor de kerk met geweld zijn veroverd op de Wolga-Bolgaren. Deze legende wordt echter onderuit gehaald door zowel historisch bewijs als het feit dat de witte steen die voor de kerken van Vladimir-Soezdal is gebruikt veel witter is dan die uit Wolga-Bulgarije, die van zichzelf een grijsbruine nuance bezit.

In 1784 wilde de hegoemen van het Bogoljoebski-klooster vanwege de lage opbrengsten de kerk slopen om de steen als bouwmateriaal te kunnen gebruiken voor de bouw van een klokkentoren en kreeg hiervoor toestemming van zijn bisschop. De hegumen en de bouwlieden konden het echter niet eens worden over de prijs van de sloop en herbouw (het klooster had te weinig geld) en daardoor ging het plan niet door. Hierop ontstond de legende dat een boer die op de koepel was geklommen om te beginnen met de afbraak zou zijn verblind door de vergulde platen op het kruis op het dak. Hij zou daarop volgens het verhaal naar beneden zijn gevallen en kreeg daarbij zijn gezichtsvermogen terug. Dit werd door de boerenbevolking als een groot wonder gezien en de boeren zouden daarop uit bijgeloof geweigerd hebben om nogmaals de hand aan de kerk te slaan.

De kerk werd over de eeuwen nauwelijks veranderd. Bij een restauratie in 1877 werd de galerij eraf gehaald en de koepel aangepast naar een ui. De arcades, de trappen die omhoog leiden naar het koor en de fresco's zijn niet behouden gebleven. De oorspronkelijke schilderingen werden toen verwijderd en overgeschilderd.

In 1992 werd de kerk opgenomen op de UNESCO-werelderfgoedlijst als onderdeel van de Witte monumenten van Vladimir en Soezdal. Later werden de graslanden rond de kerk tot beschermd gebied verklaard en opgenomen als historisch-geografisch monument op de monumentenlijst van de oblast Vladimir.