Het bedrijf is opgericht rond 1845. David Sprüngli-Schwarz en zijn zoon, Rudolf Sprüngli-Ammann hadden een zoetwarenwinkeltje in Zürich, waar na twee jaar een kleine chocoladefabriek bij kwam.

In 1892, toen Rudolf Sprüngli-Ammann zich vanwege zijn leeftijd terugtrok werd het bedrijf verdeeld tussen zijn twee zoons. De jongste, David Robert, kreeg twee zoetwarenwinkels die bekend kwamen te staan onder de naam Confiserie Sprüngli. De oudste zoon, Johann Rudolf, kreeg de chocoladefabriek. Om de nodige financiën voor uitbreiding te genereren maakte hij in 1899 er een Aktiengesellschaft van onder de naam Chocolat Sprüngli AG. In hetzelfde jaar kocht hij de chocoladefabriek van Rodolphe Lindt uit Bern. De naam van het bedrijf werd toen gewijzigd in Aktiengesellschaft Vereinigte Berner und Züricher Chocoladefabriken Lindt & Sprüngli.

In 1994 werd de Oostenrijkse chocolaterie Hofbauer gekocht, en werd ook het merk Küfferle onderdeel van het bedrijf. In respectievelijk 1997 en 1998, werden de Italiaanse chocolaterie Caffarel en het Amerikaanse bedrijf Ghirardelli in het concern opgenomen als onafhankelijke dochterondernemingen.

In 2014 werd de overname aangekondigd van het Amerikaanse zoetwarenbedrijf Russell Stover.[1] Door deze overname werd Lindt de op twee na grootste chocoladeproducent in de Verenigde Staten, na Hershey's en Mars.[1] Russell Stover behaalde een jaaromzet van US$ 500 miljoen en de producten werden verkocht in 70.000 winkels in de VS en in meer dan 20 andere landen. De overnamesom werd niet bekendgemaakt, maar werd geschat op zo'n US$ 1,4 miljard.[1]