Austronesiërs afkomstig van Borneo hebben de Seychellen mogelijk tussen 200 en 300 A.D. bewoond voordat ze zich uiteindelijk vestigden op Madagaskar. Arabische handelaren kenden de eilanden, maar hebben ze nooit gekoloniseerd. Arabieren handelden in noten van de coco de mer die alleen op de Seychellen te vinden zijn.

De Seychellen werden in 1501 door Vasco da Gama herontdekt. Tussen 1756 en 1794 stonden de eilanden onder Frans bestuur en vielen ze onder Mauritius. Begin 18e eeuw hield de piraat Olivier Levasseur zich hier een tijdje schuil. De ontdekkingsreiziger Lazare Picault bracht de belangrijkste eilanden in kaart en gaf ze de naam Iles de la Bourdonnais, ter ere van Mahé de La Bourdonnais die destijds gouverneur van Mauritius was. In 1756 vernoemden de Fransen de eilanden naar Jean Moreau de Séchelles, de minister van Financiën onder Lodewijk XV. In 1794 kwam de archipel in Britse handen en in 1814 werd het officieel een Britse kolonie. Na 1830 kwamen er veel vrijgelaten slaven op de Seychellen wonen. Reeds vanaf de 19e eeuw waren de eilanden populaire vakantiebestemmingen voor de (Britse) elite.

In 1903 verkregen de Seychellen de status van Britse kroonkolonie. Na de Tweede Wereldoorlog werd er door de Britten een Wetgevende Raad opgericht, waarin inwoners van de Seychellen konden worden gekozen. In 1948 werd de Vakbond voor Belastingbetalers en Producenten opgericht. Later ontstonden uit deze vakbond twee belangrijke politieke partijen: De Democratische Partij van de Seychellen (SDP) van James Mancham en de Sociaaldemocratische Uniepartij (SPUP) van France-Albert René. In 1970 werd James Mancham van de pro-Britse SDP tot premier benoemd.

Op 29 juni 1976 verkregen de Seychellen onafhankelijkheid binnen het Britse Gemenebest. James Mancham werd tot president gekozen en René van de SPUP werd premier.

Op 4 en 5 juni 1977 pleegden zes aanhangers van premier René (SPUP) een geslaagde coup tegen president Mancham, die daarop naar het Verenigd Koninkrijk vluchtte. France-Albert René werd tot president benoemd en voerde sindsdien een autoritair bewind, hoewel er geen sprake was van een dictatuur. In 1978 fuseerde de SPUP met diverse kleinere partijen tot het Progressief Volksfront van de Seychellen (Front Progressiste du Peuple Seychellois, FPPS), dat de enige toegestane partij op de Seychellen werd. De zelfverklaarde socialistische president René voerde enkele bescheiden sociale hervormingen door en enkele bedrijven werden genationaliseerd, maar halverwege de jaren tachtig weer geprivatiseerd. Dankzij het beleid van de regering-René ging de levensstandaard van de Seychellers vooruit. Tussen 1978 en 1987 werden er diverse mislukte coups ondernomen tegen het regime.

In 1991 liberaliseerde René het systeem en werd een meerpartijenstelsel ingevoerd. Ex-president Mancham keerde terug naar de Seychellen en nam de leiding van diens SDP op zich. René bleef aan de macht tot april 2004, toen partijgenoot James Alix Michel president werd. Michel bleef aan de macht tot 2016, en werd op zijn beurt opgevolgd door een andere partijgenoot, Danny Faure. In 2020 slaagde de oppositie er eindelijk in om de sociaaldemocraten te verslaan. Wavel Ramkalawan van de Linyon Demokratik Seselwa werd de vijfde president van de Seychellen.