Füssen zostało założone w czasach rzymskich, przy Via Claudia Augusta - drodze prowadzącej na południe do północnych Włoch i na północ do Augusta Vindelicum (dzisiejsze Augsburg), byłej stolicy regionu rzymskiej prowincji Recja. Oryginalna nazwa Füssen to "Foetes" lub "Foetibus" (w formie odmienionej), pochodząca od łacińskiego "Fauces", co oznacza "wąwóz", prawdopodobnie odnosząc się do wąwozu Lech. W późnej starożytności Füssen było miejscem stacjonowania części Legio III Italica, która strzegła ważnej trasy handlowej przez Alpy.

Później Füssen stało się miejscem dla "Hohes Schloss" (Wysoki Zamek), dawnej letniej rezydencji książąt-biskupów z Augsburga. Poniżej Hohes Schloss znajduje się barokowy kompleks dawnego benedyktyńskiego klasztoru św. Mang, którego historia sięga IX wieku. Patronem Füssen jest św. Mang (Magnus z Füssen). On i jego benedyktyński brat Theodor, mnisi z opactwa św. Gall, uważani są za założycieli miasta. Początkowo grobowiec Magnusa znajdował się w niewielkiej kaplicy, którą zbudował. Jego szczątki przeniesiono do krypty zbudowanej w 850 roku. Około roku 950 wszystkie jego kości zniknęły.

Herb miasta przedstawiający symbol triskeles (nawiązujący do niemieckiego słowa "Füsse" oznaczającego "stopy") opiera się na pieczęci miejskiej używanej we wczesnym XIV wieku.

W 1745 roku podpisano Traktat w Füssen między Elektoratem Bawarii a Habsburgami, kończąc udział Bawarii w Wojnie o Austriackie Dziedzictwo. W XIX wieku kompozytor Richard Wagner często przyjeżdżał do Füssen koleją, gdy odwiedzał króla Ludwika II Bawarskiego.