Skonstruowany w 1395 roku, w trzy lata od podjęcia decyzji o budowie przez dynastię Joseon, pałac został doszczętnie zniszczony w trakcie inwazji Japonii w 1592 roku. Przez kolejne 273 lata szczątki pałacu niszczały zupełnie zaniedbane i zapomniane, dopiero w 1867 roku, za czasów Księcia Regenta Huengseon Daewongun. Renowacja przeprowadzona na wielką skalę spowodowała odbudowę 330 budynków (z 5792 pomieszczeniami) usytuowanych w konfiguracji labiryntowej na powierzchni 432,7 m2.

Wśród pałacowych murów powstały dwie strefy: Dziedziniec Zewnętrzny (oejeon) oraz Dziedziniec Wewnętrzny (naejeon). W skład Dziedzińca Zewnętrznego wchodziły oficjalne pomieszczenia dla władcy oraz państwowych urzędników, tymczasem Dziedziniec Wewnętrzny zawierał kwatery prywatne rodziny królewskiej wraz z ogrodami.

Na początku XX wieku, od 1911 roku począwszy, kompleks pałacowy był ponownie systematycznie dewastowany przez Japończyków. W roku 1915 90% istniejących tu budynków zostało zniszczonych, a w ich miejsce postawiono budynki kwatery głównej japońskich kolonialistów.

W roku 2001 przeprowadzono odbudowę bramy wejściowej na teren pałacu – Heungnyemun, a w latach 2006-2010 bramy Gwanghwamun.

Podczas pielgrzymki do Korei Południowej, 16 sierpnia 2014, papież Franciszek odprawił przy bramie Gwanghwamun mszę, podczas której ogłosił błogosławionymi Pawła Yun Ji-chung i 123 męczenników koreańskich[1].