W XIII wieku papież Innocenty III pozwolił przenieść kapitułę z zamku do miasta. Powstała wówczas gotycka, trójnawowa świątynia, którą wznoszono na przełomie XIII i XIV wieku, w miejscu dawnego kościoła romańskiego. Uroczysta konsekracja miała miejsce dopiero w 1452 r., gdyż wcześniej kościół był kilkakrotnie niszczony (głównie podczas wojen prowadzonych przez Przemysła Ottokara II). W ciągu kolejnych wieków obiekt był przebudowywany. W czasach baroku wymieniono m.in. witraże. Dzisiejszy wygląd to efekt XIX-wiecznych prac rekonstrukcyjnych (w latach 1869–1877 dokonano regotyzacji budowli).

Najbardziej charakterystycznym elementem kościoła jest wysoka na 85 metrów wieża, będąca w przeszłości częścią średniowiecznych murów miejskich Bratysławy. Po pożarze barokowego zwieńczenia wieży w 1833 r. dodano strzelisty hełm ze złoconą repliką Korony św. Stefana. Waży ona 300 kilogramów i spoczywa na pozłacanej poduszce o powierzchni 2 na 2 metry. W przeszłości wieża kościelna częściej padała ofiarą różnych kataklizmów, m.in. uderzeń pioruna. Pierwsza replika korony św. Stefana znalazła się na wieży już w 1760 r., jednak padła ofiarą pożaru wraz z całym zwieńczeniem.

Po zajęciu Węgier przez wojska tureckie Bratysława pełniła funkcję stolicy Królestwa, a katedra została kościołem koronacyjnym królów węgierskich. W latach 1563 –1830 odbyło się tutaj 11 koronacji królów i 8 królowych (m.in. Marii Teresy). Ostatnim koronowanym monarchą był Ferdynand I Habsburg, jego dwaj następcy zostali już namaszczeni na królów w Budapeszcie[1].

W XIX wieku przy katedrze działało towarzystwo muzyczne oraz orkiestra, której dyrygentem był Franciszek Liszt. Pomnik tego artysty znajduje się na południowej ścianie kościoła.

W okresie rządów komunistycznych tuż obok kościoła powstała dwupasmowa droga (nazwana, jak na ironię, Staromiejską), pod budowę której wyburzono wiele zabytkowych budynków bratysławskiej dzielnicy żydowskiej, m.in. Synagogę Neologiczną – przykład architektury mauretańskiej. Podczas budowy naruszono konstrukcję katedry, a jezdnia właściwie styka się z murami budynku.