Najstarsze ślady wskazują, że już w 217 roku panował na tym terenie, nieznany z nazwiska, król przedstawiany na płaskorzeźbach z VIII wieku, które zachowały się do chwili obecnej. Pierwsze wzmianki o Toniná pochodzące z innych miejsc znaleziono w odległym o 72 km stanowisku archeologicznym Chinikiha, leżącym na północny wschód od rzeki Usumacinta, gdzie inskrypcje tronowe mówią w 573 roku o więźniu z Toniná. Jednakże złoty okres historii tego miasta miał miejsce od VI w. do IX w., czyli w okresie największego rozkwitu tej kultury, po którym nastąpił długi okres dekadencji i w końcu upadku. Toniná prowadziło liczne wojny ze swoim lokalnym rywalem Palenque.