Na Antiguidade a zona costeira de Arzila foi bastante visitada por gregos e fenícios. Foram encontrados vestígios deste últimos, que ali teriam tido um entreposto comercial que daria origem à colónia cartaginesa de nome Zéli, Zilil, Zilis, Zília ou Zeles.

Diz João de Barros,

Arzila - cidade de África, chamava-se Zelis. Segundo Antonino e segundo Ptolomeu Zelia, e segundo Estrabão chamavam-lhe Abila. Parece boa conjectura que Zelis seria Cilee e Zelia seria Arzila.[1]

Chegou a rebelar-se contra Cartago e a ter moeda própria, mas perdeu importância com o ressurgimento de Lixo, outra colónia púnica situada cerca de 35 km a sul. No século I a.C. chegaram os romanos, que a chamaram Colónia Augusta Júlia Constância Zilil (em latim: Colonia Augusti Iulia Constantia Zilil) ou somente Augusta Zilil, que foi depois incorporada na província romana da Mauritânia Tingitana. Segundo Estrabão, parte dos seus habitantes fundaram Júlia Traducta (outras fontes falam em Júlia Ioza), que se supõe corresponder à atual Algeciras, na costa norte do estreito de Gibraltar, para onde transladados entre 33 e 27 a.C. como castigo por se terem rebelado contra as autoridades romanas.

Conquistada pelos árabes em 712, voltou a ganhar alguma importância já com o nome de Arzila, sendo um centro de comércio onde acorriam mercadores do sul da Península Ibérica e de outras regiões vizinhas e onde despontaram atividades científicas e culturais durante o período idríssida. Ao contrário das autores da Antiguidade, dos quais são raras as menções à cidade, há relatos mais detalhados de autores árabes, ibne Haucal e Albacri. Este refere que Arzila foi atacada duas vezes pelos normandos durante o século IX, mas não diz em que datas. No século XII Dreses descreve-a como uma cidade em decadência, mas deve ter recuperado entre os séculos XIII e XIV porque em 1437, quando ocorreu o desastre português em Tânger, encontravam-se em Arzila negociantes judeus, genoveses e castelhanos. Para os sultões de Fez, a cidade era uma das suas principais posições.

Domínio português

Arzila foi conquistada pelos portugueses a 24 de agosto de 1471, durante o reinado de Afonso V, que empregaram no assalto cerca de 500 navios e 30 000 soldados. Este episódio está ilustrado em três das chamadas Tapeçarias de Pastrana. Os portugueses constroem uma praça-forte, a qual foi ampliada e reforçada a partir de 1509, com traça de Diogo Boitaca, que reconstruiu a alcáçova e a muralha do seu porto, combinando elementos arquitetónicos tradicionais como a torre de menagem e a couraçada, com outros mais evoluídos, como os baluartes com canhoneiras da "Porta da Vila" e o da "Pata da Aranha". Em poucos anos, a cidade tornou-se um entreposto comercial e estratégico importante na rota do ouro saariano. Tal como a Tânger, Arzila recebeu famílias judias espanholas após 1490, para ali direcionadas pela Coroa Portuguesa, com o fim de colonização.

Em 1520 Manuel I de Portugal criou a feitoria de Arzila, para cuja defesa foi criada a chamada Esquadra do Estreito, e:

“ (…) mandou para ela muitas mercadorias, como panos, lenços, sedas, barretes, que era o que consumia a nossa gente e de que se pagavam os servidores dos lugares do norte do Algarve de além-mar. Mandou também outra espécie de mercadorias, que as cáfilas de mouros e judeus vinham comprar à vila, tais como lácar, alaquecas, bordates e especiarias. Desta feitoria fez el-rei feitor Francisco Ribeiro, almoxarife dos mantimentos em Arzila neste tempo. Para escrivão nomeou Tomé Rodrigues, moço da sua câmara, e para provedor João Queimado, irmão de Vasco Queimado, feitor da Casa da Índia. A esta feitoria deu uma filial em Fez e fez seu feitor (…) Francisco Gonçalves, e escrivão dela Sancho Rebelo, seu moço da câmara. Ele podia levar da feitoria de Arzila as mercadorias que lhe parecesse que se venderiam naquela cidade, como lácar, alaquecas, bordates etc., e da sua venda tirasse três por cento para si. ”    "Arzilla" na obra Civitates Orbis Terrarum de Braun e Hogenberg, 1572

A praça foi abandonada pelas forças portuguesas em 1550, após a conquista de Fez pelo xarife saadiano Maomé Axeique, em 31 de Janeiro de 1549. Marrocos ficava agora unificado sob o domínio de um só soberano, e a praça-forte não poderia lutar muito tempo contra ele, segundo o rei D. João III, que preferiu manter apenas Ceuta e Tânger.

Foi novamente ocupada de 1577 a 1589, na sequência do desembarque de D. Sebastião para a tentativa de conquista de Marrocos que redundou na Batalha de Alcácer-Quibir de 1578. Em 1589 Filipe I de Portugal devolve Arzila ao sultão saadiano Almançor. Arzila é também o local de nascimento do guerreiro Mulei Amade, que começando por combater os portugueses, depois entrou ao serviço deles na Índia e no Extremo Oriente.

Espanha conquistou a cidade mais tarde, que voltou ao domínio de monarcas marroquinos com Mulei Ismail em 1691. Em 1829 foi bombardeada pela marinha austríaca, numa tentativa frustrada de acabar com a sua função de base de piratas, uma situação que se manteria até 1912, quando foi instituído o Protetorado Espanhol de Marrocos, do qual fazia parte Arzila. Em 1860, durante a primeira guerra de Marrocos, Arzila foi novamente bombardeada, desta vez pela armada espanhola. Em 1906, tornou-se a base do caudilho semi-bandido, semi-rebelde com traços românticos, el-Raisuni, que se autonomeou paxá e instaurou um regime de terror.

Governadores portugueses 24 de Agosto de 1471 - 1480 - Henrique de Meneses 1480 - 1482 - Lopo Dias de Azevedo 1482 - 1486 - João de Meneses, 1° conde de Tarouca 1486 (28 de agosto) - 1490 - Álvaro de Faria 1490 - 1501 - D. Vasco Coutinho, Conde de Borba e Conde de Redondo (primeira vez) 1495 - D. Rodrigo Coutinho sobrinho de Vasco (interino) 1495 - D. João de Meneses (interino) 1495 - 1501 - D. Vasco Coutinho, Conde de Borba e Conde de Redondo, de facto 1501 - 1502 - D. João Coutinho, conde de Redondo (interino) 1502 (9 de janeiro) - 1505 - D. João de Meneses (segunda vez) 1505 - 1514 - D. Vasco Coutinho, Conde de Borba e Conde de Redondo (segunda vez) 1514 - 1524 - D. João Coutinho, conde de Redondo, (primeira vez) 1523 (abril) - 1523 (junho) - D. Manuel de Meneses (interino) 1524 - 1529 (outubro) - António da Silveira 1529 (outubro) - 1539 - D. João Coutinho, conde de Redondo (segunda vez) 1539 - 1547 - Manuel Mascarenhas 1547 - 1549/1550 - D. Francisco Coutinho, conde de Redondo 1549/1550 - 1550 (24 de agosto) - Luís de Loureiro 1577 - 1578 - D. Duarte de Meneses 1578 - 1578 - Pedro de Mesquita 1578 - 1580 - Pedro da Silva 1580 - 1589 - … Tapeçarias de Pastrana: detalhe da série da tomada de Arzila (desembarque)