Cabo San Lucas, tinha outras designações os indígenas locais Pericues a chamavam de "Yenecami" e o pirata Thomas Cavendish de "Porto Seguro", no entanto se tornou Cabo San Lucas por imposição dos missionários.

Se calcula que os primeiros grupos humanos chegaram a parte sul da península há 14,000 anos. A chegada dos primeiros europeus, que viviam na região eram de grupos nómades da tribo Pericú, que sobreviviam mediante economia de subsistência baseada no cultivo de frutos, sementes, raízes, moluscos que buscavam nas praias, também da pesca primitiva e da caça. Nesta zona se encontra um farol com mais de 100 anos de antiguidade, conhecido como "El Farol Viejo". O projetista, desenhador e executor da construção do Farol de Cabo Falso foi o engenheiro Joaquín Palácios Gómez, originário de Madrid, na Espanha. Ele chegou ao México com sua esposa Petra Magro, originária de Argamasilla de Calatrava, também na Espanha e seus filhos Joaquín e Roberto. Também há outras famílias fundadoras como os Leggs, Guillins, Chong, Ceseña, Castro, Tamayo, entre outras.

Se considera atualmente a Hernán Cortés como o descobridor da península de Baja California, ainda quando o primeiro europeu que desembarcou na região foi o piloto e navegante espanhol Fortún Jiménez que comandava o navio Concepción avistou e visitou no ano de 1534 a península, pensando ser uma ilha.

Os primeiros navegadores frente a costa de Cabo San Lucas foram Hernán Cortés em 1535 e Juan Rodríguez Cabrillo em 1542.

Em março de 1602 o vice rei Conde de Monterrey, Dom. Gaspar Zúñiga y Acevedo, nomeou a Sebastián Vizcaíno, general para dirigir a exploração do litoral californiano em busca de portos de refúgio para os galeões de Manila.

Desde do dia 5 de maio até o dia 21 de fevereiro de 1603, Vizcaíno guiou três navios, cujo nomes eram San Francisco, Santo Joseph e Tres Reyes. Navegaram desde do porto de Acapulco até mais ao norte de Cabo Mendocino na California em companhia dos cosmógrafos Géronimo Martí Palácios e o frade carmelita Antonio de la Ascensión, durante a viagem fixaram a topografia dando nomes correspondentes aos lugares visitados, levantaram planos e prepararam cursos diários e detalhados da costa que serviriam para a navegação desses lugares até o final do século XVIII.

Seus planos para a costa da Califórnia são notáveis pela precisão e exatidão dos dados, foi nessa viagem exploratória que Cabo San Lucas foi nomeado como cidade.[1]