Colmar era conhecida como Kolmar durante o período em que a Alsácia era parte da Alemanha. A cidade de Colmar foi fundada no século IX, sendo-lhe outorgado o status de Cidade Imperial Livre do Sacro Império Romano-Germânico em 1226. Era uma das dez cidades que formavam a Decápole da Alsácia. Foi tomada pelo suecos em 1632, durante a Guerra dos Trinta Anos, que a mantiveram dois anos sob controle. Após passar ao Império alemão pelo Tratado de Frankfurt, transformou-se na capital do distrito da Alta Alsácia no território imperial (Reichsland) da Alsácia-Lorena.

Colmar foi a última cidade francesa a ser liberada da ocupação alemã, em 1945, após uma longa resistência das forças alemãs.

É a terceira maior cidade da Alsácia, após Estrasburgo e Mulhouse.

Datas marcantes 823: Mencionada oficialmente pela primeira vez, com o nome Columbário (Pombal). Início do século XIII: Início da construção das fortificações. 1226: Cidade Imperial livre. 1360: A constituição da cidade dá o poder às corporações. século XIV: Entrada na aliança da Decápole. século XIV-século XV: famosa escola de mestres-cantores, como em outras cidades do Alto-Reno. 1548: Josel von Rosheim lidera um processo para os judeus da cidade de Colmar diante do Tribunal imperial por causa da proibição aos judeus de exercerem o comércio na cidade. 1673 (ou 1679??): Alemanha é obrigada a ceder a Alsácia à França no Tratado de Vestfália, então Colmar passa à administração francesa e torna-se sede do Conselho Superior da província da Alsácia'. 1791: Sede administrativa do departamento do Haut-Rhin. século XIX: Colmar possui uma indústria têxtil competitiva. 1871: Ao final da Guerra franco-prussiana (1870/1871), Colmar torna-se parte do recém formado território imperial (Reichsland) da Alsácia-Lorena (Elsaß-Lothringen) do Império alemão, com isso os alsacianos são repatriados. 1918: Colmar retorna à administração francesa ao final da Primeira Guerra Mundial. 1940: Colmar, após a derrota francesa, torna-se parte integrante da região Baden-Alsácia (Baden-Elsaß), sob administração alemã. A partir de 1942 os alsacianos são incorporados à força na Wehrmacht. Fevereiro de 1945: Colmar é a última cidade francesa liberada pelos aliados.