Para surpresa dos arqueólogos, descobriu-se que grande parte das construções não eram contemporâneas com as grandes cidades maias do período clássico existentes na região, como Tikal e Uaxactun, mas que haviam sido erguidas séculos antes, durante o período pré-clássico.

El Mirador desenvolveu-se a partir do século VI a.C., atingindo o seu apogeu entre o século III a.C. e o século I, com uma população máxima de aproximadamente 80 000 pessoas. A partir desta altura observa-se um hiato construtivo, talvez mesmo o completo abandono da cidade durante várias gerações, seguidos de uma reocupação e nova etapa construtiva no período clássico tardio, até ao abandono definitivo no século IX.