Os franciscanos chegaram a La Paz logo depois de sua fundação e estabeleceram um convento já em 1549. Este convento se localizava às margens do rio Choqueyapu, que à época dividia La Paz em duas partes, uma habitada por espanhóis e a outra por indígenas. O convento franciscano localizava-se na parte indígena, e foi danificado por uma forte nevasca nos inícios do século XVII.

A igreja e convento que existem atualmente foram construídos apenas no século XVIII. As obras começaram por volta de 1744, e em 1753 foram terminadas as coberturas das naves e cúpula. O coro foi terminado em 1772 e a obra foi finalizada em 1784, ano da inauguração da igreja. A torre da fachada foi construída apenas em 1885.

Destaca-se o portal da igreja, em pedra esculpida, que classifica-se dentro do chamado barroco mestiço (barroco mestizo). Este estilo decorativo híbrido, obra de mãos indígenas, mescla motivos barrocos europeus com motivos nativos. O retábulo principal da igreja, em madeira entalhada e datado de meados do século XVIII, é outro expoente do estilo.