Embora se saiba menos sobre Puca Pucara do que muitas outras ruínas incas, existe uma teoria de que esse local provavelmente foi construído durante o reinado de Pachacuti (1438 - 1471). Como ele foi o nono governante do império, pode-se dizer que Puca Pucara foi uma das construções posteriores. As pedras usadas para construir a maioria das paredes são de forma muito irregular, empilhadas juntas para criar paredes funcionais, mas sem muita beleza no que diz respeito à arquitetura (isso contrasta com o muitos outros sítios arqueológicos da região). Por causa disso, é possível que os prédios e as paredes tenham sido construídos as pressa, devido a necessidade urgente de um quartel-general militar na região. Quando foi construída, as pedras de diferentes tamanhos e formas, que agora tem um tom acinzentado, teriam uma cor mais vermelha (daí o nome de fortaleza vermelha), devido ao grande teor de ferro no calcário usado para a construção das paredes. [1]

Há uma pequena discussão sobre qual era a verdadeira função de Puca Pucara quando o império inca ainda estava prosperando. Como dito acima, era pelo menos parcialmente uma base militar e, como estava em uma estrada tão importante e com vista para tantos pontos importantes, era um lugar muito bom para identificar problemas. As autoridades poderiam usá-lo como um posto de controle na estrada. Também poderia ter servido de ponto de parada para grupos militares que viajavam por perto. Outra teoria é que era um local de descanso (tambo) para caçadores e viajantes cansados, além de nobres, devido a todos os seus luxuosos banhos, canais, praças, fontes e salas separadas. [2]