Sua origem se deu no período do Pleistoceno. É estimado que os primeiros fluxos de lava se deram há 1.300.000 anos; e o último registro de atividade ocorreu há 350.000 anos.[1][2]

Na obra "História da Companhia de Jesus no Chile", escrita pelo jesuíta Miguel de Olivares entre 1736 e 1738, foi mencionado o monte Tronador (trovão), nome dado pelos nativos da região devido ao som que é produzido quando os seracs se desprendem dos glaciares.[3][2]

Os primeiros estudos geológicos ocorreram em 1909, por Steffen, que publicou seus estudos em literaturas científicas. E o primeiro mapa geográfico da região foi feito por Ljungner, em 1931.[2]

No dia 29 de janeiro de 1934, depois de 18 horas de subida, Hermann Claussen foi a primeira pessoa a alcançar o cume principal internacional do Tronador. E, em 28 de fevereiro de 1938, foi inaugurado pelo Clube Andino Bariloche, o primeiro refúgio na montanha, a 2.270 metros de altitude, mas por um erro de calculo, foi construído em solo chileno.[3][2]