В Бахарии остались руины храма Александра Македонского. Некоторые археологи считают, что полководец проходил через Бахарию, возвращаясь от оракула Амона из оазиса Сивы. В 1996 начались раскопки греко-римского некрополя, известного как Долина золотых мумий. Были раскопаны примерно 34 гробницы той эпохи.

В древних породах оазиса учёные обнаружили останки скелетов кархародонтозавра, бахариазавра и стоматозуха, датируемые около 95 миллионов лет назад.