Баракоа является старейшим городом Кубы — основан в 1511[1]—1512 годах[2] испанским конкистадором Диего Веласкесом[3][4].

В 1518—1522 гг. он был главным городом Кубы, затем пришел в упадок и его значение вновь стало расти только после переселения французских колонистов с острова Гаити в 1791 году[3].

В 1891 году население города составляло 3 тыс. человек, он являлся центром торговли тропическими фруктами[3].

В дальнейшем, город стал центром самого важного в стране района производства какао. После Кубинской революции в Баракоа с помощью ГДР была построена шоколадная фабрика[5][4] и город стал главным центром производства шоколада на Кубе[6].

В 1965 году численность населения составляла 13 тыс. человек. В это время Баракоа представлял собой экономический центр и порт на берегу Атлантического океана, основой экономики являлись экспорт бананов, кокосовых орехов и других тропических фруктов, рыболовство, производство шоколада и кокосового масла[4].

В 1970 году численность населения составляла 21 тыс. человек, основой экономики являлись пищевая промышленность, производство стройматериалов и рыболовство[2]. В июле 1970 года здесь был введен в эксплуатацию аэропорт[7].

В июле 2017 года город Баракоа сильнее всех остальных городов страны пострадал от урагана «Мэттью»[8].