До Второй мировой войны Сен-Назер был одним из крупнейших портов Атлантического побережья Франции. Во время битвы за Францию немецкая армия прибыла в Сен-Назер в июне 1940 года, и порт был немедленно использован для подводных лодок: уже 29 сентября 1940 в порт прибывает U-46.

В декабре 1940 года в Сен-Назер прибыла миссия Организации Тодта и осмотрела порт для изучения возможности создания базы подводных лодок, неуязвимой для бомбардировок Королевскими ВВС. Работа вскоре была начата под руководством инженера Пробста.

Было выбрано пространство из доков и зданий судоходной компании Compagnie Générale Transatlantique, которые были разрушены. Строительство началось в феврале 1941 года с пеналов 6,7 и 8, завершена в июне 1941 года. С июля 1941 по январь 1942 года были построены пеналы с 9 по 14; и в период с февраля по июнь 1942 года пеналы с 1 по 5. Работа была завершена строительством башни. В период с конца 1943 и в начале 1944 года, укреплённый шлюз, построенный для защиты подводных лодок во время их перехода из реки Луары в пеналы бункера. Шлюз имел 155 метров в длину, 25 метров в ширину и 14 метра в высоту. На крыше имелись средства ПВО.

28 марта 1942 док в Сен-Назере стал мишенью британских коммандос во время операции "Колесница" (англ.: Operation "Chariot"), более известной как Рейд на Сен-Назер. Во время операции британцы успешно разрушили соседний с бункером сухой док, протаранив его эсминцем, заполненным взрывчаткой, но бункеры подводных лодок не пострадали. Собственно, целью и являлся док Луи Жубер Лок  (англ.) (рус., который был единственным сухим доком на побережье Атлантики, способным принимать самый мощный корабль в составе кригсмарине (после потопления «Бисмарка») — линкор «Тирпиц».